Ишхани один из уникальнейших храмов Грузинского зодчества. По мастерству украшений его можно сравнить с Никорцминда в Рача, а по красоте фресок с ним сравнится лишь Цаленджиха в Мегрелии. Храм является уникальным примером грузинской архитектуры, однако в нём есть один крайне интересный элемент, пришедший не из Грузии. Однако обо всём по порядку.

Первая церковь на этом месте появилась в 30-ых годах VII века. Строителем церкви выступил армянский епископ Нерсес, однако характерен тот факт, что сама церковь армянской никогда не была. Нерсес был диофизитом, и отношений с монофизитами он не поддерживал, и церковь изначально был освящена как православная.

К сожалению, храм Нерсеса не сохранился до наших дней – нападения арабов сыграли свою роль, и храм Нерсеса был разрушен. Место пустовало до IX века, когда ученик Григола Хандзтели, великого церковного деятеля, восстановившего церковную жизнь в Тао-Кларджети после многочисленных нашествий, Саба, прозванный позже Ишхнели, не занялся восстановлением храма.

Храм был снова обновлён в X веке, но окончательный облик принял в 1032 году, при царствовании Баграта IV. Зодчим храма стал Иванэ Морчаис Дзе. О вкладе Иванэ Морчаисдзе мы знаем в первую очередь благодаря сохранившейся надписи вокруг южного окна. Ишханский храм множество раз перестраивался, однако оконченный, искусно украшенный и обдуманный вид принял благодаря Иванэ Морачаисдзе. Удивительная искусность исполнения ставит Иваню Морчаисдзе в один ряд с величайшими зодчими Грузии.

Орнамент Ишхани поражает своей красотой и богатством. В храме и по сей день сохранились остатки уникальных фресок I половины XI века. Возле большой церкви расположена маленькая часовня (Построена в 1066 году). Несмотря на  малочисленность сведений о просветительской деятельности Ишханских епископов, на сегодня сохранились имена некоторых епископов. Нам известно, что в X-XI веках стараниями Иллариона Ишхнели были переписаны Сборник аскетических рассказов и Местийское Евангелие, стараниями другого Ишханского епископа, Амберака Ишхнели, была обновлена рукопись 1233 года.